La città di Fergana sorge come pure la città di Marghila nella valle del fiume Margilan Say. La città di Fergana è la più giovane tra le città della Valle di Fergana. Infatti, Fergana fu fondata nel 1877. All’epoca la citta si chiamava Nuova Marghilan. Solo nel 1919 la città di Fergana prende il suo nome attuale. La citta fu costruita rispettando un sistema detto radiale -circolare. A questo schema in Uzbekista furono costruite cinque città tre delle quali nella Valle di Fergana: Nuova Marghelan (Fergana) e la città di Andijan e quella di Namangan.
La nuova città viene fondata nel corso più superiore del fiume Margelansay rispetto a Marghelan a 12 kilometri di distanza l’una dall’altra. Al centro della Nuova Marghilan era costruita la fortezza dalla quale le vie partevano a ventaglio. La fortezza si trovava all’estremità sud di Nuova Marghelan in una zona elevata rispetto al resto della città ed era protetta dalle mura difensive.