Das Zarafshan-Reservat befindet sich im südöstlichen Teil der Region Samarkand auf dem Gebiet der Distrikte Dzhambaysky und Bulungur. Sein Territorium beginnt in den Höhen von Chapan - Ata, 8 km von der Stadt Samarkand entfernt, und erstreckt sich entlang des rechten Ufers des Flusses Zarafshan stromaufwärts des Flusses bis zum Damm Pervomaisk. Die westliche Grenze des Reservats ist die Mitte des Zarafshan-Flusses, die südliche Grenze verläuft entlang der Grenze zu Tadschikistan.
Das Zarafshan State Reserve wurde 1975 gegründet, um die biologische Vielfalt der Tugai-Wälder des Zarafshan River Valley zu erhalten. Das Gebiet des Reservats beträgt 2352 Hektar und erstreckt sich 47 km entlang des rechten Flussufers in einem schmalen Streifen mit einer Breite von 300 bis 1500 m.
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