Музей изобразительных искусств был открыт в 1982 г. в историческом здании 1912 г в самом центре Бухары рядом с Ляби-хаус. На первом этаже здания располагался фирменный магазин Саввы Морозова, верхний же этаж занимал филиал Азовско-Донского банка. С 1920 по 1982 г.г. в этом здании располагалось отделение Госбанка и другие организации.
В музее представлены живописные картины, графика и скульптуры художников Бухары. Здесь также представлено творчество русских художников, побывавших в Средней Азии в конце XIX — начале XX веков: П. Бенькова, М. Курзина, В.Е. Вилковир. В музее экспонируются миниатюры известного просветителя второй половины XIX века, художника, философа, писателя и каллиграфа Ахмада Дониша, представлены работы известного миниатюриста и каллиграфа Бухары народного художника Узбекистана – Садриддина Поччаева. В экспозиции демонстрируются работы бухарских художников 80-90 годов XX века- Б. Саломова, А. Барнаева, М. Абдуллаева, Н. Бабаева, З. Саиджанова, Б. Гулова, К. Норхурозова, которые творчески, развивая традиции своих предшественников, представляют своеобразную школу национальной живописи и скульптуры Узбекистана. В экспозиции “Древнее ювелирное искусство Бухары» демонстрируются замечательные изделия древних ювелиров, среди которых: уникальная золотая плакетка с изображением богини, золотые серьги (I век до н.э.- II век н.э.), серебряные амулеты (XIX-XX в.в.), ювелирные украшения и дворцовая посуда из серебра и позолоты, инкрустированная драгоценными камнями и эмалью (XVIII-XX в.в.)
В музее изобразительных искусств функционирует научный центр по изучению восточных арабографических рукописей. В фондах музея-заповедника насчитывается 3454 единицы уникальных рукописных книг и документов XVI-XX веков, написанных на арабском, персидско-таджикском, староузбекском языках.Письменное наследие представлено различными документами юридического, правового, финансового, хозяйственного характера, который охватывает 500 — летний период истории Центральной Азии.