Стремительные реки Сарытаг, Хозормеч и Серима, текущие в лесистых ущельях, и говорливый ручей Пещерный несут в озеро свои холодные воды. Принесенные ими песок и галька образовали возле устья каждой реки небольшие ровные площадки, на которых зеленеют рощи — тополиные, березовые, осиновые и арчи. Вдоль берегов Искандеркуля тянется узкая кайма из кустов ивняка, барбариса, шиповника и облепихи. Голубовато-зеленая вода озера довольно холодная, но у берегов и в закрытых бухтах летом вполне можно купаться. Зимой Искандеркуль замерзает, и лишь посредине его сохраняется полоса, образованная струей текущей воды. В окрестностях озера обитают горные куропатки-кеклики, хохлатые удоды, индейки — улары. Правда, само озеро не может похвастать обилием жизни: здесь водится лишь мелкая рыбешка — голец.
