Сурханский государственный заповедник расположен в северо-западной части Шерабадского района Сурхандарьинской области и состоит из двух самостоятельных участков: острова Арал-Пайгамбар и восточного склона хребта Кугитанг-тау. Арал - Пайгамбарский участок общей площадью 3092 га, как заповедник был организован еще в 1971 г. в целях сохранения долинно-тугайной экосистемы и естественной популяции бухарского оленя, внесенного в Международный Красный Лист МСОП и красную книгу бывшего Советского союза. В настоящее время решением правительства Республики Узбекистан остров Арал-Пайгамбар передан пограничной службе.
В 1986 г. Кугитангский госзаказник был объединен с заповедником Арал-Пайгамбар и преобразован в Сурханский государственный заповедник. В настоящее время территория Сурханского заповедника расположена в юго-западных отрогах Гиссарского хребта ПамироАлайской горной системы на высоте от 1500 до 3157 м.н.у.м. На юго-западе республики веером расположены периферические части и отроги Гиссарского хребта, такие как Яккабагский, Чакчар, Байсунский, Кугитангский и Сурхантау. Эти горные системы располагаются в непосредственной близости к жаркой пустыне Кызылкум. Равнинные пространства пересекаются реками Амударья и Сырдарья. Заповедник граничит на западе с Республикой Туркменистан, где имеются два заказника и один заповедник. Это даёт возможность организации межгосударственного трансграничного заповедника с целью сохранения биоразнообразия гор Кугитанга. Общая площадь заповедника 24583 га. , из них покрытая лесом площадь составляла 9284 га.
Климат заповедника характеризуется континентальностью, засушливостью, обилием тепла и света, низкой влажностью воздуха и сильными горячими ветрами («афганцами»).Температура воздуха, в зимний период, в основном, положительная и составляет, в пределах различных высот, от +2о до +3,5о С. Абсолютный максимум воздуха в летний период колеблется от + 32о до 52о С. Осадки выпадают в виде дождя и снега преимущественно в осенне-зимний-весенний периоды. Количество осадков колеблется в пределах 405 – 410 мм. Снежный покров появляется во второй половине декабря и держится до февраля. Продолжительность безморозного периода 284-289 дней.
В настоящее время в Кугитангском заповеднике зарегистрировано 578 видов сосудистых растений, относящихся к 269 родам и 55 семействам, и выявлено 23 вида сосудистых растений, занесенных в Красную книгу Республики Узбекистан. Среди растений много уникальных и эндемичных видов, которые произрастают только здесь на хребте Кугитанг. К ним относятся такие виды как: Астрагал Виллиса -Astragalus willisii M. Pop.; астрагал почти шахимарданский - Astragalus, subschachimardanus M. Pop.; астрагал свинцовый - Astragalus plumbeus Gontsch.; парнолистник бухарский - Zygophyllum bucharicum В. Fedtsch.; аллохруза качимовидная -Allochrusa gypsophiloides (Regel) Schischk.
Фауна заповедника представляет собой сложный естественный комплекс, свойственный природным условиям гор Средней Азии. В заповеднике установлено присутствие 23 видов млекопитающих на территории заповедника. Здесь также, как и среди птиц, представлены виды, характерные для южной части Палеарктики. В пределах заповедника до сих пор сохранились полосатая гиена - Hyaena hyaena и переднеазиатский леопард - Panthera pardus, оба вида чрезвычайно редкие и находятся на грани полного исчезновения в республике Узбекистан. Тем не менее, леопард наблюдался несколько раз за последние несколько лет, а следы гиены отмечали егери заповедника. Также на грани исчезновения находятся два других, встречающихся в заповеднике вида, - винторогий козел или мархур (Capra falconeri) и бухарский уриал (Ovis vignei bocharensis). Численность мархура в пределах заповедника определена ы 160-180 особей. Бухарский уриал, местообитаниями которого являются аридные низкогорья и предгорья, еще более редок. Его численность в заповеднике составляет всего 20-25 особей. точно не установлена. Кроме этих видов, в заповеднике обитают еще несколько редких видов, нуждающихся в охране и восстановлении. Здесь встречается крупная летучая мышь - белобрюхий срелоух - Otonycteris hemprichi, естественно редкий и потому уязвимый вид. Также здесь обитает туркестанская рысь -Turkestan Lynx, уязвимый, сокращающийся в численности вид. В предгорной равнине отмечается джейран – Gazella subgutturosa, численность которого также катастрофически снизилась в последние десятилетия.Из обычных видов нужно назвать лисицу, шакала, барсука, зайца-толая, ушастого ежа, кабана.
В заповеднике отмечено более 200 видов птиц ( в горной территории заповедника 74 вида птиц, на острове Арал-Пайгамбар - 143 вида, относящихся к 91 роду, 43 семействам, 15 отрядам. Среди числа редких и уязвимых видов птиц необходимо отметить гнездование в заповеднике туркестанского белого аиста - Ciconia ciconia, черного аиста - Ciconia nigra, бородача - Gypaetus barbatus, белоголового сипа - Gyps fulvus, черного грифа - Aegypius monachus, змееяда - Circaetus gallicus, беркута - Aquila chrysaetos и некоторых других.
