В комплексе Куня Арк (ХVII - середина XIXв.) в ханской мечети с 1983 г. находится экспозиция отдела Древнего Хорезма.
Всего в экспозиции выставлены 439 экспонатов, которые отражают историю Хорезма с античных времен до образования Хивинского Ханства.
Последняя реэкспозиция отдела произведена в 2006 году. Полезная площадь под экспозицию 160 кв.метров. Интересна и коллекция из 111 предметов, связанные с историей чеканки монет в Хорезме, хранящаяся в здании бывшего ханского монетного двора. Здесь же интересная экспозиция Тронного зала, в которой 40 экспонатов, связанных с оформлением зала и правилами аудиенции.
Центральным экспонатом зала является копия трона 1806 г. Мухаммада Рахим хана I, воссозданная на основе фотографии и чертежей подлинного трона, хранящиеся в оружейной палате в г.Москве.
Экспозиция отдела природы находится в медресе Абдуллахана, построеного в 1855 г. В разделе экспозиции выставлены уникальные образцы фауны и флоры Хорезма. В музее имеются три диаграммы – «Зона пустыни», «Зона озер» и «Зона тугаев».Последняя реэкспозиция отдела проведена в 2008 году. Полезная площадь под экспозицию 180 кв.м.
